Катедрите се основни внатрешни организациони единици на факултетот. Во моментов на Градежен факултет-Скопје функционираат 14 катедри, кои заради поврзување на научните области, насочување и усогласување на наставно-образовната и со неа поврзаната научно-истражувачка дејност, се организирани во 5 оддели:

I.                   Оддел за анализа на конструкции и земјотресно инженерство

раководител: проф. д-р Мери Цветковска

1.       Катедра за механика и материјали

раководител: проф. д-р Мери Цветковска

2.      Катедра за теорија на конструкции и компјутерска анализа

раководител: проф. д-р Грозде Алексовски

II.                 Оддел за конструкции

раководител: проф. д-р Петар Цветановси

3.      Катедра за бетонски и дрвени конструкции

раководител: проф. д-р Дарко Наков

4.      Катедра за метални конструкции

раководител: проф. д-р Петар Цветановски

III.              Оддел за хидротехника и организација на градбата

раководител: проф. д-р Љупчо Петковски

5.      Катедра за хидраулика, хидрологија и уредување на водотеци

раководител: проф. д-р Виолета Ѓешовска

6.      Катедра за водоснабдување, канализација и мелиорации

раководител: доц. д-р Гоце Тасевски

7.       Катедра за хидротехнички објекти

раководител: проф. д-р Љупчо Петковски

8.      Катедра за организација и технологија на градба

раководител: проф. д-р Валентина Жилеска-Панчовска

IV.               Оддел за геотехника, патишта и железници

раководител: проф.. д-р Дарко Мославац

9.      Катедра за патишта

раководител: проф. д-р Слободан Огњеновиќ

10.   Катедра за железници

раководител: проф. д-р Зоран Кракутовски

11.    Катедра за геотехника

раководител: доц. д-р Игор Пешевски

V.                 Оддел за геодезија и математика

раководител: доц. д-р Златко Богдановски

12.   Катедра за геодезија

раководител: проф. д-р Лазо Димов

13.   Катедра за виша геодезија

раководител: доц. д-р Златко Богдановски

14.   Катедра за математика и информатика

раководител: проф. д-р Даниел Велинов