Катедрите се основни внатрешни организациони единици на факултетот. Во моментов на Градежен факултет-Скопје функционираат 14 катедри, кои заради поврзување на научните области, насочување и усогласување на наставно-образовната и со неа поврзаната научно-истражувачка дејност, се организирани во 5 оддели:

I.                   Оддел за анализа на конструкции и земјотресно инженерство

раководител: проф. д-р Елена Думова – Јованоска

1.       Катедра за механика и материјали

раководител: проф.д-р Владимир Витанов

2.      Катедра за теорија на конструкции и компјутерска анализа

раководител: проф. д-р Елена Думова – Јованоска

II.                 Оддел за конструкции

раководител: проф. д-р Тони Аранѓеловски

3.      Катедра за бетонски и дрвени конструкции

раководител: проф. д-р Тони Аранѓеловски

4.      Катедра за метални конструкции

раководител: проф. д-р Миле Партиков

III.              Оддел за хидротехника и организација на градбата

раководител: проф. д-р Петко Пеливановски

5.      Катедра за хидраулика, хидрологија и уредување на водотеци

раководител: проф. д-р Виолета Ѓешовска

6.      Катедра за водоснабдување, канализација и мелиорации

раководител: доц. д-р Гоце Тасевски

7.       Катедра за хидротехнички објекти

раководител: проф. д-р Стевчо Митовски

8.      Катедра за организација, технологија и менаџмент во градежништвото

раководител: проф. д-р Маријана Лазаревска

IV.               Оддел за геотехника, патишта и железници

раководител: проф.. д-р Зоран Кракутовски

9.      Катедра за патишта

раководител: проф. д-р Дарко Мославац

10.   Катедра за железници

раководител: проф. д-р Зоран Кракутовски

11.    Катедра за геотехника

раководител: доц. д-р Јосиф Јосифовски

V.                 Оддел за геодезија и математика

раководител: доц. д-р Ѓорѓи Ѓорѓиев

12.   Катедра за геодезија

раководител: проф. д-р Ѓорѓи Ѓорѓиев

13.   Катедра за виша геодезија

раководител: доц. д-р Златко Србиновски

14.   Катедра за математика и информатика

раководител: проф. д-р Зоран Мисајлески